原因分析：
1、增值税申报的收入与金税三期的收入有差异。一般来讲，增值税纳税申报表里的按适用税率征税的销售额应等于利润表里的营业收入的金额，也就是说，增值税纳税申报表的本月收入和累计收入与利润表里的本月收入和累计收入一般是一致的。而很多企业会将按简易征收计算的收入、变卖边角料等的其他业务收入、变卖资产的营业外收入等未计或者多计到增值税纳税申报表里，导致增值税申报的收入与金税三期的收入有差异。
2、关联方交易。一般来讲，价格公允的，不违背正常交易原则的关联方交易税务上是认可的，但是涉及到高新技术产品收入的占比问题就比较敏感。税务会根据关联方交易占总收入的金额来确定企业是否有操作高品收入的嫌疑，或者是为了成长性增加收入，因为关联方交易较非关联方交易风险更低，往往合同不用过于注意细节，所以操作性更强。
3、查工资发放凭证是否合理有据，比如代发工资是否有发票。某些企业以前年度会存在工资由兄弟单位代发，却未开劳务发票，在税务上是不认可这样的劳务成本的，更别说研发费用的范围归集，必须有合同有发票有转账记录才可以确认成本费用。
4、查个税系统的人数与材料里的花名册上的人数是否大致相符。某些企业可能实际只有一两人运行，但是为了操作高企，操作研发人员与总人数的占比情况，会虚增人数，但是个税系统里又只有一两个人，这是极其不合理的。
5、申报资料里未见企业为员工缴纳的申报情况，无社保局的参保情况。社会保险法规定，中华人民共和国境内的用人单位和个人要依法缴纳社会保险费 ，但是很多企业为了节省成本并没有给员工参保。
6、开票内容是工程款。发票开工程票没问题，但是从高新技术企业的角度讲，税务会认为工程类企业没有研发活动和高新技术的体现。
7、立项没有具体研发人员对应，辅助台账的工资分配无依据。企业财务人员在做辅助台账的时候工资分配随意，没有相关依据，立项也没有匹配相应的研发人员，导致辅助台账里的工资跟立项的匹配程度偏低。
8、企业注册地址与实际经营地址不一样。税务审核一般会提前电话通知企业要去实地考察，也有突击检查的，很多企业刚开始的搬迁了实际经营地址，却没有变更营业执照上的注册地址，导致税务人员现场核查的时候未见实际研发活动。
9、审计报告中披露的各年度各项目的研发费用一般都是四舍五入的，但是过大的尾差也是不合理的。
10、企业按照近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例来规划研发费用，却忽略了前提条件，即研发费用的占比是按照最近一年的销售收入来计算占比的，尤其是关注最近一年的收入跟前两年的收入不在一个区间的的情况。
以上10点原因大致是今年第一批高企税务审核未过的原因，总结的原因点也是与往年不同的，希望企业总结分析原因，争取第二批顺利通过。
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